为防干裂，出厂前透析袋一般都经10%的甘油处理，透析袋中含有微量的硫化物、重金属和一些具有紫外吸收的杂质，它们对蛋白质和其他生物活性物质有害，用前必须除去。新购进的普通型透析袋必须经过处理才能使用。

方法一：
把透析袋剪成适当长度（10-20cm）的小段。
在大体积（500ml）的2%（w/v）的碳酸氢钠和1mmol/L EDTA2Na（pH=8.0）中将透析袋煮沸10min。
用蒸馏水*清洗透析袋。
放在500ml的1mmol/L EDTA2Na（pH=8.0）中将之煮沸10min。
冷却后，置于30%或者50%的酒精中，放于4℃冰箱，必须确保透析袋始终浸没在溶液内。从此时其取用透析袋必须戴手套。
在使用前要用蒸馏水将透析袋里外加以清洗干净。
方法二：
可先用50%乙醇煮沸1h，再依次用50%乙醇、0.01mol/L碳酸氢钠和1mmol/L EDTA（pH=8.0）溶液洗涤，最后用蒸馏水冲洗即可使用。
方法三：
实验要求不高的可以用简易方法处理。用沸水煮5至10min，再用蒸馏水洗净，即可使用。
不过现在也有杂质含量极少，无需预处理，只需用去离子水清洗即可使用的即用型透析袋。这种透析袋具有特殊的生物技术膜，不含硫化物及金属杂质。只是比普通型透析袋稍贵。